カタツムリ型レプリロイド。シグマ製。醜い自分の姿にコンプレックスを抱いている。マグナクォーツ（このステージの中ボス）を「友」として溺愛しとても大切にしており、「マグナクォーツの輝きに身を委ねていれば、わが身の醜さも忘れることができた」らしい。「友」が倒されたことで大いに悲しみ、自らの心の拠りどころが失われた復讐のために、マグナクォーツを倒したエックスに襲いかかった。自分以外の時間を歪め、思考能力以外を減速させる能力がある。独特の美意識を持っているのが特徴。一人称は「ボク」で、口調も少年らしい話し方になっている。
深海の切り裂き魔 バブリー・クラブロス
カニ型レプリロイド。イレギュラーハンター第6艦隊に所属していた元特A級ハンター。
守銭奴振りに磨きが掛かり、カニ道楽型の巨大貯金箱（お金を入れると残高を告げる機能付き）に金を溜め込み、行く行くは世界だけでなくシグマをも金で牛耳ろうと目論む狂信的な拝金主義者になっている。口調は大阪弁。最後はエックスの作戦にひっかかり、アッパーの様に腕を打ち上げながら撃ったバスターで縦に真っ二つにされる。
夢の島の堕天使 メタモル・モスミーノス
蛾（ガ）型レプリロイド。シグマ製作。
燐粉には幻影のようなものを見せる効果があり、スクラップ処理場に入ったエックスに過去の8ボス（+VAVAや、それまでの時点で倒されたX2のボス）の墓標を見せ精神的に追い詰め、さらには復活したように見せて襲わせた（実際はザコレプリロイドが襲い掛かっただけ）。エックスには卑怯者呼ばわりされていたが、モスミーノス自身は「エフェクトも戦術の内」という考え方である。燐粉とスクラップやビームによる攻撃でエックスを追い込むが、燐粉がラッシングバーナーの導火線となり燃え尽きた。常に丁寧な口調で話す。
凶牙の重戦車 ホイール・アリゲイツ
ワニ型レプリロイド。元6艦隊副隊長。凶暴さに磨きがかかっており、バスターが撃てなくなったエックスをボコボコに蹂躙したが、最期はアームパーツが使用可能になったエックスのダブルチャージショットによってあっさりと倒された。
砂漠の韋駄天 ソニック・オストリーグ
ダチョウ型レプリロイド。元々は第7空挺部隊の特A級ハンターだったが事故による飛行への恐怖心が拭い去れず、飛行能力を封印、脱退していた。
イーグリードと親友関係であり、シグマに「イーグリードは裏切り者のエックスに破壊された」と騙されてエックスを恨み彼と対立するが、エックスの不屈の姿にイーグリードの姿が重なり、迷いが生じる。そして自分の知らなかった巨大ミサイルが放たれるのを見て、現れたバイオレンによって自分が欺かれていた事知り、エックスへの償いの為にミサイルへ向かおうとする彼を追い越して、封印していた飛行能力を復活させてミサイルに特攻し、死の間際にイーグリードの霊（？）と友情を確かめ合い（尚、イーグリードの姿はエックスも見ていた）彼もまたイーグリード同様に誇り高く散っていった。
飛行能力を失っても戦闘力そのものは衰えておらず、事実エックスとの対決では彼に殆ど乗ずる隙を与えなかった。
緑林の小悪魔 ワイヤー・ヘチマール
シグマの命により気象コントロールセンターを占拠したヘチマ型レプリロイド。無邪気な性格で善悪の区別が付かず、天気をコロコロ変えては楽しんでいた。ダンス好きであり、先述の気象コントロールのスイッチもダンスステージ型にしていた。エックスとの戦闘後にケイン博士がその場で修理して（その際にΣウイルスの影響を脱したようである）正気に戻った。X2のボスでは唯一生存。なお、ゲームではシグマの秘密工場で作られた事になっているが、漫画版では不明である。
紅のアサッシン マグネ・ヒャクレッガー
ムカデ型レプリロイド。元は全18あるイレギュラーハンター部隊でも影の存在である第0特殊部隊に所属していたエキスパート。卑劣な性格で、女性型レプリロイド・シルキーの姿に化けてエックスを中央コンピューターに誘導して倒そうとした。尾のウィルスでエックスの能力を次々と消去して優勢に立つが、最後はエックスによってマザーのむき出しの回路に押しつけられ、自らが流したウイルスにやられる。エックスと対峙した時は、普通の口調になったり、慇懃無礼な敬語になったり、また普通の口調に戻ったりと、（演出的に）安定していない口調であった。
ヒートナックルチャンピオン フレイム・スタッガー
鹿型レプリロイド。エックスが所属していた第17精鋭部隊の元隊員。負けず嫌いな性格で、同じ言葉を何度も繰り返す狂気の籠ったセリフ回し（「笑う！笑う笑う笑う笑う！笑っちまうねー！」、「負け、負け、負け、負け、大負けだぁ?っ」等）が特徴。
第17精鋭部隊の隊員だった頃は新人イジメの常習者であり、エックスにそれを咎められた事によりイジメの対象をエックスに移すが、ライバル視していたゼロが見守る中でのエックスとの決闘にあっさり負けてしまう。それ以来エックスを逆恨みしており、そのためにシグマに協力。大幅に強化された状態でエックスに挑む。最期は不完全な強化改造が裏目に出て、エックスの攻撃で体内の発火システムが破壊され暴走。自分で自分を焼き尽くしてしまう。
ロックマンX3
ゲーム中でもドップラーに洗脳されたという設定があるためか、破壊されずに正気に戻ったボスが多く、終盤で正気に戻ったボス達がエックスらを救うために奮闘する。
水龍のプレジデント アシッド・シーフォース
ドップラー軍団所属。タツノオトシゴ型レプリロイド。
詩人ぶった喋り方が特徴。ダムを占拠したがそれは機能停止した女性型レプリロイドを護る為である。エックスたちとの戦いでは、液体化能力で周囲の水に溶け込み、かく乱する事で優位に立つが、エックスが放ったフロストシールドで冷凍され、凍りついた所をバスターを撃ち込まれ敗北（この際にワームから開放される）。バスターを食らって頭を強打した際に液体化機能が破損。最期は元に戻れなくなると分かっていながら液体化して女性型レプリロイドの「保護膜」になり、共にダムの底で永遠に眠る道を選んだ。
影の飛忍 エクスプローズ・ホーネック
スズメバチ型レプリロイド。元イレギュラーハンター第0特殊部隊の副隊長であり、ゼロの部下にあたる。
元・チンピラグループのリーダーであり、イレギュラーハンターになる以前のゼロに喧嘩を売って倒された事が2人の出会いであった。その後ゼロの強さに憧れて彼の部下となり、そしてゼロを超えるために一度はイレギュラー化してしまったが、ゼロとの戦いの中で強さとは何なのかを再確認し、再びゼロの下に戻った。その後、エレキテル・ナマズロスら3体と共に脳内チップに擬態していたワーム型Σウィルスを除去され現場復帰している。X4のプロローグにも、チラッと登場している。
レスキュー発電所 エレキテル・ナマズロス
発電用のナマズ型レプリロイド。
関西弁で喋り、何故か芸人志望で彼の何処にそんな才能を見出したのか、エックスとお笑いコンビを組みたがっていた。トルネードファングで電撃を逸らされ、エックスの攻撃で正気に戻り、本来の任務とは正反対の事をしてしまった自責の念から、命と引き換えに自ら発電所の炉心になって都市の機能を回復させる。そして後日、奇跡的に復活した。
七つの海の破壊神 シザーズ・シュリンプァー
戦闘用小海老型レプリロイド。
勝敗関係なしに戦いを楽しむ戦闘狂。最後の最後で遠距離から自分だけを一撃で撃ち抜いたエックスの頭脳プレーに歓喜し、満足げに死んでいった。八大ボスの中で唯一Xに破壊された。
ジャングルの守護神 シャイニング・タイガード
トラ型レプリロイド。
雌のトラ（レプリロイドやメカニロイドではなく本物）と恋人関係にあった。そのため、密猟者に恋人を傷つけられた事に起因する人間への怒りに我を忘れドップラーの甘言に乗ってしまうが、ゼロやエックスとの対決の末に正気に戻った。
作中では攻撃の大半を太陽光を利用した、エックスのバスターよりも高出力のツメ（ビームクローと言っていた）で行い、特殊武器『レイスプラッシャー』は終盤に数コマ使っただけで（とはいえ、ゲーム本編でもどちらかと言えばツメを突き出しての体当たりが多いが）、エックスには殆ど通用しなかった。初登場時は助詞を使わない錯乱気味な口調だったが、正気に戻ってからは普通の口調になっている。
鋼鉄のリベンジャー グラビティー・ビートブード
カブトムシ型レプリロイド。兄弟レプリロイドであり、兄はブーメル・クワンガー。
兄が破壊されたのは自業自得であり、エックスに何の落ち度も無い事は理解していたが、兄思いであるが故に割り切ることができず、ドップラーの口車に乗ってゼロのボディにクワンガーの頭脳を移植しようとした。落命はしていないが、その後の去就は不明。
なお彼は、困難に屈せず自分が傷つく事を辞さないエックスの事を憧れていた。
白銀の雪男 フローズン・バッファリオ
バッファロー型スキー場整備用レプリロイド。
元々は心優しいレプリロイドであったが、ドップラーに洗脳され、イレギュラー化し、芸術家気取りで街を凍り漬けにする。エックスと対決して敗北、正気に戻ったが、その際操られていたとはいえ自分のした行いを嘆き、一度はエックスに破壊される事を望むが、エックスにバッファリオと仲良くなっていた少年トシヒコが必死で雪ダルマを作る姿を見せられて立ち直った。後にはエックスと共にフロスト・キバトドスと戦うが、エックスをかばい壮絶な死を遂げる。
地底のバーバリアン スクリュー・マサイダー
エネルゲン水晶採掘用サイ型レプリロイド。ドップラーによって洗脳されイレギュラーとなり戦闘用レプリロイドに改造されてしまうが、所詮は付け焼刃でありエックスやゼロには通用しなかった。戦闘後は破壊されず本来の心を取り戻した。その後はイレギュラーハンターに協力する仲間としてドッペルタウンでの決戦にも参戦する。
なお3話のラストで、ゼロはケインにマサイダーを運ばせようとしていた。ゼロの言い分は「俺らばかり苦を味わっているのも変だから、偶にはドクターにも苦を味わってもらおう」との事。
ロックマンX4
密林のゲリラコマンダー ウェブ・スパイダス
クモ型レプリロイド。レプリフォース軍ゲリラ部隊長。元イレギュラーハンター第0特殊部隊（別名：忍び部隊）所属。戦闘において、「戦場において、任務達成と生還の為にはどんなものでも利用する」を自身の信条にしているが、戦場訓であり別にモラルが崩壊しているわけではない。職業軍人として高い誇りを持ち、かつて所属していたイレギュラーハンターを、後述の理由もあって嫌っている。エックスによって瀕死に追い込まれ、無益な戦いに迷いその終結を願うエックスに対し「不完全な存在である人が造ったレプリロイドもまた不完全であるのは当然の事実であり、それを人間がイレギュラーとして否定し続けるかぎり、この戦いは終わらない」とその非情さを訴えながら力尽き死んでいった。語尾が「ね」となる口調で話す（「貴様が何をしてきたというのかね！」「終わらんね……」等）。
極北の暴れん坊 フロスト・キバトドス
レプリフォース陸軍所属。セイウチ型のレプリロイド。バニラアイスが大好物で、セリフの端々にも「バニラアイス」の単語が多く出る。
捕虜を狩りの獲物にしたり、倒した相手を氷漬けにして標本のようにする等、凶暴さと残虐さが更に強調されており、エックスに協力していたバッファリオを殺害した。だが、最期は規律を乱すものとしてジェネラルに処刑された。
廃墟の小悪魔 スプリット・マシュラーム
生物研究所（バイオラボラトリー）管理用マッシュルーム型レプリロイド。
エックスの前に立ちはだかるが、その姿はワイヤー・ヘチマールの様な純粋無垢な様子が垣間見られ、その行動も一種の悪ふざけのようであった。エックスは彼を更生させようとするが、しかし最期は正体を隠し謎のイレギュラーとして現れたダブルによって惨殺されてしまう。
爆炎の武道家 マグマード・ドラグーン
竜型レプリロイド。イレギュラーハンター第14部隊（通称・白兵戦部隊）の隊長。
月刊誌連載時は連載が打ち切られた事もあって、ゼロとの対峙など重要キャラを思わせる初登場シーンがあったにも拘らず、再登場は既にエックスに破壊されていた残骸としてであった。2005年に発行された復刊版コミックではエックスと戦うシーンが描き下ろし追加された。
古風な口調で喋る。一人称は「我」。
アクアデストロイヤー ジェット・スティングレン
エイ型レプリロイド。レプリシーフォース軍所属。
任務中に助けられたカーネルをとても尊敬しており、カーネルの「部下を守り、敵を倒し、生還する」という教えを己の信条とし、部下の命を大切にしていた。イレギュラー事件現場にいながらカーネルを容疑者として、武装解除を要求したゼロ（ゼロ本人にとっても苦渋の要求だった）を許せず、「カーネルが友として認めていたにもかかわらずゼロはその信頼を裏切った」と思い、部下を撤退させ一対一の戦いを挑むも敗れた。最期は彼の身を案じて戻ってきた部下共々、レプリロイドの自警団により破壊される。
ネットワークガーディアン サイバー・クジャッカー
クジャク型イレギュラー。正確に言うとレプリロイドではなくコンピュータプログラム。ゲーム同様オカマ口調だが、ミステリアスな雰囲気を持つ。
ヨツバ コルヒチ モネ しおざけ ネルガ ポッド あめりか フレーズ めいわ ラッピ ビンカミン ハザード ソロモン サブライ イシミカ ナシ ティング トラス プライス インチ ネオン コスト ミラショーン レコード カカオマス 白い微笑 ハンドメイド チェンジ Sロガー レンディー パネル 霜の花 レモン テレワ スター ラオオ チュニス ナビラメ きょくし ぽろり モデラート レンジ はさま ハマメリス プログラ ルフィ アゲート フクジ トリッキー マツバ
大空の参謀長 ストーム・フクロウル
フクロウ型レプリロイド。レプリフォース参謀本部、及びレプリエアフォース軍所属。
ジェネラルないしはレプリフォースに絶対の忠誠を抱いており、戦うことへの迷いはない。最後はアルティメットアーマーを装着したエックスに立ちはだかるが、その圧倒的な力に倒される。プレストーリーや会話シーンへの登場が比較的多く、カーネルの右腕的存在であった事が伺えるが、連載時には打ち切りのためドラグーンと共に戦闘シーンがカットされたキャラクター。復刊版では戦闘シーンは結局追加されず、短い会話のやりとりのみが書き下ろされた。
エックスの力に対して彼は「お前の力はレプリロイドの域を超えている……答えろ、イレギュラーめ」と言い放ったが、当のエックスは「イレギュラーは君のほうだ」と一蹴する。
鋼の破壊王 スラッシュ・ビストレオ
ライオン型レプリロイド。レプリフォース軍補給部隊所属。
部下を暴力的に扱い、自身も相当の自負があったが、アルティメットアーマーを装着したエックスにバラバラの残骸になるまで破壊される。最期には命乞いをしていたらしい。